Международный фонд спасения Арала (МФСА) был создан в 1992 году по инициативе Глав государств Центральной Азии с целью улучшения социально-экономической и экологической обстановки в бассейне Аральского моря.
После обретения независимости страны Центральной Азии создали новую систему распределения водных ресурсов. Министры водных ресурсов независимых стран 12 сентября 1992 года подписали Соглашение, в котором объявили о том, что совместное управление водными ресурсами будет осуществляться в соответствии с принципами равноправия и взаимной выгоды.
В период с 1992 по 1994 год при поддержке доноров были созданы межгосударственные организации: Международный фонд спасения Арала (МФСА) со штаб-квартирой в Алматы и Межгосударственный совет по проблемам бассейна Аральского моря (МГСА) с Исполнительным комитетом под председательством министра водного хозяйства Туркменистана, штаб-квартира которого располагалась в Ташкенте. Основная роль МФСА заключалась в отыскании и аккумулировании средств, а МГСА была ответственна за подготовку и реализацию Программа бассейна Аральского моря (ПБАМ).
Во время встречи Глав государств-учредителей МФСА в феврале 1997 года были приняты основополагающие решения, касающиеся реструктуризации и объединения МФСА и МГСА. Было также принято решение относительно председательства в Исполнительном комитете, его ротации, места расположения Исполнительного комитета и размера взносов в Фонд. Важнейшими задачами МФСА были определены: разработка проектных предложений, нацеленные на выработку взаимоприемлемого механизма по комплексному использованию водных ресурсов и охране окружающей среды, сохранение биологического фонда Приаралья, сокращение губительного воздействия экологического кризиса на окружающую среду и, самое главное, на жизнедеятельность проживающих в регионе людей.
В апреле 1999 года в Ашхабаде состоялась встреча Глав Государств Центральной Азии, на которой было утверждено Положение о МФСА и Соглашение о статусе МФСА и подписана Ашхабадская декларация.
Результатом деятельности МФСА к настоящему времени стали разработка, принятие и имплементация трех Программ по оказанию помощи странам бассейна Аральского моря (ПБАМ–1, ПБАМ–2, ПБАМ-3).
В рамках МФСА работают две комиссии - Межгосударственная координационная водохозяйственная комиссия Центральной Азии (МКВК) и Межгосударственная комиссия по устойчивому развитию (МКУР).
МКВК была создана странами Центральной Азии в соответствии с Соглашением о сотрудничестве в сфере совместного управления использованием и охраной водных ресурсов межгосударственных водных источников, подписанного от имени суверенных государств 18 февраля 1992 г. в г. Алма-Ате. Главной целью создания МКВК является разработка и утверждение лимитов ежегодного водопотребления для каждого из государств по основным водным источникам, режимов работы крупных водохранилищ, и управление водораспределением в условиях фактической водности и складывающейся водохозяйственной обстановки, а также разработка и осуществление экологических программ, связанных с усыханием Аральского моря и истощением водных источников, установлением ежегодных объемов водоподачи в дельты рек и Аральское море.
МКУР была создана решением Межгосударственного Совета по проблемам бассейна Аральского моря (19 июля 1994 г., г.Ашхабад). На Комиссию была возложена координация и управление региональным сотрудничеством в области охраны окружающей среды и устойчивого развития стран Центральной Азии. Основными задачами МКУР являются - разработка региональной стратеги устойчивого развития, управление региональными программами, планами действий, и проектами в области охраны окружающей среды и устойчивого развития, координация действий при реализации обязательств стран Центральной Азии по выполнению природоохранных конвенций, имеющих трансграничный аспект.
Основной рабочий орган МФСА – Исполнительный комитет поочередно располагался в г. Алматы (1993 – 1997 годы), в г. Ташкент (1997 – 1999 годы), в г. Ашхабад (1999 – 2002 годы), в г. Душанбе (2002 – 2008 годы), в г. Алматы (2009-2012 годы) в г. Ташкент (2012-2016 ).
С 2017 года по август 2019 года Исполком МФСА находится в г. Ашхабад.
